Biología (plan 1997) 2025-1

Quinto Semestre, Taller Nivel 1

PRESENTACIÓN DEL TALLER:

MIÉRCOLES 7 DE AGOSTO DE 2024, 12 PM: Presentación virtual del taller para brindar información sobre los proyectos que dirigen l@s profesor@s participantes y a los que las personas que se inscriban pueden incorporarse para realización de proyectos de titulación. Habrá sesión de preguntas y respuestas. LINK: https://meet.google.com/npy-arfj-sdy

JUEVES 8 DE AGOSTO DE 2024, 11 AM: Recorrido presencial de las instalaciones del Instituto de Biología para visitar las aulas donde se llevarán a cabo las clases durante el semestre, así como de nuestros laboratorios en el Pabellón Nacional de la Biodiversidad. *Se requiere confirmación durante la presentación virtual o vía correo electrónico (Dra. Jovana Jasso)*

UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO

FACULTAD DE CIENCIAS

SEMESTRE 2025-1. NIVEL 1

HERRAMIENTAS GENÓMICAS PARA EL ESTUDIO DE LA BIODIVERSIDAD Y EVOLUCIÓN

· Dr. Adrián Nieto Montes de Oca. Coordinador del taller.

· Dra. Jovana Magdalena Jasso Martínez (jovana.jasso@ib.unam.mx).

· Dra. María del Pilar Benites (pilarbenites@gmail.com).

· M. en C. Rubén Castañeda Osorio (ruben.castaos@gmail.com).

· Dra. Valeria Berenice Salinas Ramos (valeria.b.salinas.r@gmail.com).

NIVEL 1

Objetivo general

· Que el alumno conozca los conceptos básicos en sistemática y evolución molecular, así como las principales herramientas genómicas para el estudio de la biodiversidad.

Objetivo particulares

· Conocer los conceptos básicos en el estudio de la biodiversidad, sistemática y evolución molecular.

· Comprender las tecnologías actuales de secuenciación masiva, así como las estrategias de muestreo del genoma y los pasos principales para la preparación de genotecas.

· Conocer las herramientas más usadas para el análisis bioinformático de datos genómicos (control de calidad, filtrado y edición de datos).

· Escribir el planteamiento del problema y objetivos del proyecto de investigación que el alumno llevará a cabo en el taller.

PROGRAMA DE ACTIVIDADES NIVEL 1

MÓDULO 1. Introducción al estudio de la biodiversidad, sistemática y evolución molecular: conceptos, métodos de estudio y análisis. Ejemplos de aplicaciones y diferentes aproximaciones para el estudio de la biodiversidad. Panorama actual de la biodiversidad, en un contexto evolutivo, ecológico y ambiental. Su importancia y su problemática.

· 19, 22, 26 agosto (PB, VBSR). 1 seminario.

MÓDULO 2. Introducción a la genómica. Evolución molecular. Conceptos básicos en filogenómica. Técnica de Secuenciación Sanger. Tecnologías actuales de secuenciación de nueva generación. Principales tecnologías de secuenciación masiva en paralelo: SOLiD, Illumina: (MySeq-HiSeq-NextSeq), Roche 454, Ion Torrent, PacBio SMRT, Nanopore.

· 29 agosto, 2, 5, 9 septiembre (RCO, JMJM). 1 seminario.

PRESENTACIÓN DE PROYECTOS Y ASESORÍAS

· 12 septiembre (JMJM, VBSR).

MÓDULO 3. Diseño experimental, requerimientos, conceptos básicos para preparación de bibliotecas genómicas.

Extracción, cuantificación y fragmentación del ADN. Museómica. Extracción de ADN y ARN. Métodos de preservación del ADN. Preparación de genotecas: conceptos básicos.

19, 23 septiembre (RCO, PB).

MÓDULO 4: Introducción al análisis bioinformático de datos de secuenciación de datos de secuenciación masiva en paralelo. Introducción a Unix. Prácticas: comandos básicos, ejercicios en Linux. Filtrado y ensamble de datos genómicos. Control de calidad, filtrado y edición de datos. Introducción a los diferentes programas de análisis de datos:

A) Comandos básicos, ejercicios.

B) Control de calidad, filtrado y ensamble de datos (Galaxy).

· 26, 30 septiembre, 3, 7 octubre (JMJM, RCO, PB).

DISCUSIÓN DE PROYECTOS Y ASESORÍAS

· 10 octubre (PB, AZR).

MÓDULO 5: Técnicas de secuenciación. Secuenciación de genomas, técnicas de representación reducida del genoma.

· Métodos y técnicas de secuenciación “Shotgun”: desnatado de genoma (“genome skimming”), secuenciación completa del genoma (“whole genome sequencing”), secuenciación del ARN. (RCO) 14, 17 octubre.

· Métodos basados en sitios de restricción asociada a secuenciación de ADN: RADseq, double-digest RAD (ddRAD), 3RAD. (ANMO) 21, 24 octubre.

· Métodos basados en captura de secuencias específicas (“target enrichment”): elementos ultraconservados (UCEs), Anchor Hybrid enrichment (AHE). (JMJM) 28, 31 octubre.

· Metagenética y metagenómica, ADN ambiental (muestras de agua, microbioma, muestras masivas). (PB) 4, 7 noviembre.

DISCUSIÓN Y DEFINICIÓN DE PROYECTOS

· 11 de noviembre.

PRESENTACIONES Y EVALUACIÓN FINAL

· 2, 5 diciembre. Presentaciones de tercer y primer nivel.

Criterios para la evaluación

· Tareas y prácticas. 40%

· Participación en seminarios. 10%

· Presentación del proyecto. Entregar un título tentativo, objetivos y planteamiento del problema de su proyecto de investigación a desarrollar. 50%