Biología (plan 1997) 2024-2

Sexto Semestre, Taller Nivel 2

TEMARIO DEL TALLER DE

ANTROPOLOGÍA MOLECULAR Nivel II.

Semestre 2024-2. Grupo 5411.

Facultad de Ciencias, UNAM.

IMPARTIDO POR LO PROFESORES

Dra. Angélica González Oliver

M. en C. Héctor Alessandro López Hernández

M. en C. Richell Maribet Ramírez Molina

Laboratorio Antropología Molecular. Facultad Ciencias, UNAM.

¡Bienvenid@s al semestre 2024-2!

Este curso es de tipo teórico-práctico. Cada una de estas secciones tienen un valor del 50% de la calificación final. La sección teórica se imparte los días viernes y la práctica los días martes.

Estableceremos comunicación con las y los alumnos por medio de su correo electrónico y solicitamos que de preferencia sea del dominio de @ciencias o de la UNAM.

El objetivo general del curso es revisar los conceptos básicos de la Antropología Molecular, que es una línea de investigación relativamente reciente e interesante, y de interés para un amplio sector de la comunidad científica.

Objetivos particulares:

1. Revisar los conceptos generales y particulares de la antropología molecular, ya que es un campo activo de investigación interdisciplinaria, especialmente en el área de la evolución de las poblaciones humanas.

2. Adquirir experiencia en revisar artículos científicos relevantes, incluyendo los más recientes, ya que son las fuentes originales de la información científica.

3. Conocer el reglamento de seguridad del Laboratorio de Antropología Molecular y las medidas preventivas en el estudio del DNA moderno.

4. Aprender el funcionamiento del material y equipo de laboratorio.

5. Aprender las metodologías que se utilizan en el análisis del DNA mitocondrial

Contenido Temático En Teoría:

1. Antropología Molecular

1.1 Antropología Molecular: Objeto de Estudio de la Antropología Molecular.

1.2 DNA y marcadores moleculares: gen, genotipos, Genoma mitocondrial, y cromosoma Y.

1.3 Mutaciones y sistemas de reparación.

1.4 Haplotipos y haplogrupos.

1.5 Haplogrupos en México.

2. DNA Antiguo

2.1 Daño fisicoquímico en el DNA Antiguo.

2.2 Temas relevantes del DNA antiguo (discusión artículos relevantes).

2.3 Implicaciones del genoma antiguo en el genoma moderno.

3. Genética de Poblaciones y Evolución

3.1Conceptos de Evolución.

3.2 Fuerzas evolutivas: mutación, migración, deriva génica y selección natural.

3.3 Teoría Neutral de la Evolución y Evolución Molecular.

3.4 Genética de Poblaciones: frecuencias alélicas (y haplotípicas), cambios de tamaño poblacional y estructura poblacional.

4. Estadística

4.1 Estadística (repaso).

4.2 Teorías de probabilidad (p)

4.3 Tipos de Hipótesis y estadística inferencial

4.4 Análisis de datos: AMOVA, pruebas no paramétricas, PCA y visualización.

5. Análisis de DNA (parte I)

5.1 Análisis de secuencias.

5.2 Test de diversidad genética (pi=haplotipica).

5.3 Alineamiento de secuencias.

5.4 Softwares y Bioinformática.

Contenido Temático En El Laboratorio:

Los temas se revisarán de manera práctica y teórica en clases tipo seminarios de discusión. Por lo que se requiere una participación activa del alumno en las clases y una asistencia obligatoria.

1.1. Aprendizaje de uso de micropipetas y pipeteo

1.2. Método de extracción de DNA.

1.3. Método de la reacción en cadena de la polimerasa punto final y tiempo real.

1.4. Método de electroforesis en geles de poliacrilamida.

1.5. Método de análisis de restricción.

1.6. Cuantificación de ácidos nucleicos.

Evaluación.

Asistencia obligatoria del 100%.

Participación en clase.

Exposición de temas específicos.

Horarios

Laboratorio- Martes 14:30 a 17:30

Teoría- Viernes 14:30 17:30

Las clases serán de manera simultánea solo en la teoría) y se aceptan oyentes:

ID Zoom:322 745 4135

Literatura

1. Amorim, C., Nunes, K., Meyer, D., Comas, D., Bortolini M., Salzano, F., Hünemeier, T. (2017). Genetic signature of natural selection in first Americans. Proceedings of the National Academy of Sciences Feb 2017, 114 (9) 2195-2199.

2. Brown Michael D., Hosseine Seyed H., Torroni Antonio, Bandelt Hans-Jürgen, Allen Jon C., Schurr Theodore G., Scozzari Rosaria, Cruciani Fulvio, and Wallace Douglas C. (1998). MtDNA haplogroup X: An ancient link between Europe/Western Asia and North America?. Am. J. Hum. Genet. 63: 1852-1861.

3. Cooper, A; Poinar, H. (2002). Ancient DNA: Do it right or not at all. Science, 289(5482), 1139. https://doi.org/10.1126/science.289.5482.1139b

4. Curry, E. (2020). Introduction to Bioinformatics: a practical guide for biologist. Chapman and Hall/CRC. Nueva York, EE. UU.

5. Cruz, I. D. L., González-Oliver, A., Kemp, B. M., Román, J. A., Smith, D. G., & Torre-Blanco, A. (2008). Sex identification of children sacrificed to the ancient Aztec rain gods in Tlatelolco. Current Anthropology, 49(3), 519-526.

6. Dabney, J., Meyer, M., & Pääbo, S. (2013). Ancient DNA damage. Cold Spring Harbor perspectives in biology, 5(7), a012567.

7. Futuyma, D., Kirkpatrick, M. (2017). Evolution 4ta Edición. Sinauer Associates, Inc. Massachusetts, EE. UU.

8. González Oliver, A. (2023). Introducción a la antropología Molecular. Análisis molecular de DNA humano en el laboratorio. Facultad de Ciencias. UNAM.

9. González‐Oliver, A., Márquez‐Morfín, L., Jiménez, J. C., & Torre‐Blanco, A. (2001). Founding amerindian mitochondrial DNA lineages in ancient Maya from Xcaret, Quintana Roo. American Journal of Physical Anthropology: The Official Publication of the American Association of Physical Anthropologists, 116(3), 230-235.

10. Gillespie, J. H. (2004). Population genetics: a concise guide. JHU Press.

11. Hamilton, M. Population Genetics. (2009). Wiley-Blackwell, Publications. Oxford, Reino Unido.

12. Hodge, R. Human Genetics: Race, population and disease. (2010). Facts on file, INC. Nueva York, EE. UU.

13. Lewin, B., Krebs, J., Kilpatrick, S. T., & Goldstein, E. S. (2011). Lewin's genes X. Jones & Bartlett Learning.

14. Torroni Antonio, Shurr Theodore G., Yang Chi-Chuan, …. & Wallace Douglas C. (1992). Native American Mitochondrial DNA Analysis indicates that the amerind and the nadene populations were founded by two independent migrations. Genetic 130: 153-162.

15. Torroni Antonio, Theodore Schurr, Margaret Cabell, Michael Brown, James Neel, Merethe Larsen, ... & Wallace Douglas. (1993). Asian affinities and continental radiation of the four founding Native American mtDNAs. American journal of human genetics, 53(3), 563.

16. Sharma, P., & Sampath, H. (2019). Mitochondrial DNA integrity: role in health and disease. Cells, 8(2), 100.

17. Stewart, J. B., & Chinnery, P. F. (2015). The dynamics of mitochondrial DNA heteroplasmy: Implications for human health and disease. Nature Reviews Genetics, 16, 530-542. https://doi.org/10.1038/nrg3966

18. Zhao, L., & Sumberaz, P. (2020). Mitochondrial DNA damage: prevalence, biological consequence, and emerging pathways. Chemical Research in Toxicology, 33(10), 2491-2502.