Biología (plan 1997) 2024-1

Optativas, Sistemática II

Martes nos vemos en el Laboratorio de Sistemática I en el Tlahuizcalpan.

Viernes nos vemos en el 304 del Yelizcalli.

Google Classroom: mamozyi

I Introducción y homología 3 semanas

1. Intro a las filogenias, intro a la bioinformática, sistemas operativos, dónde instalar el software etc

2. Homología, caracteres como hipótesis de homología

3. Alineamientos, homología en secuencias. Concatenación, informatividad

II Bioinformática 3 semanas

4. Bioinformática, R, Bash (expresiones regulares)

III Inferencia filogenética paramétrica 4.5 semanas

5. Modelos de sustitución, elementos que componen a un modelo. Modelo Mk

6. Máxima verosimilitud, polea, poda

7. Búsquedas heurísticas, universo de topologías, TBR, SPR, NNI, soporte de bootstrap, consensos

8. Selección de modelos empleando MV, criterio de información de Akaike

9. Inferencia bayesiana. Probabilidad conjunta, marginal y posterior. Probabilidad previa, ¿cómo informar los priors?

10. Cadenas de Markov Montecarlo, diagnosticando cadenas, convergencia, mezclado, tamaño efectivo de muestra

11. Selección de modelo empleando inferencia Bayesiana, salto reversible, factores de Bayes

12. Coalescencia, especiación y árboles de especies.

IV Macroevolutiva 5.5 semanas

13. Tiempos de divergencia (reloj molecular relajado con énfasis en fechado por nodos)

14. Estados ancestrales, evolución de caracteres

15. Biogeografía filogenética, modelo de dispersión extinción y cladogenesis

16. Diversificación asociada a estados de carácter y modelos de estado oculto (BiSSE, HiSSE etc)

17. Modelos para la delimitación de especies con base en marcadores de código de barras, modelos GMYC, bPTP etc