Biología (plan 1997) 2022-2

Séptimo Semestre, Taller Nivel 3

TEMARIO DEL TALLER DE

ANTROPOLOGÍA MOLECULAR Nivel III.

Semestre 2022-2. Grupo 5399. 18 créditos.

Facultad de Ciencias, UNAM.

IMPARTIDO POR LO PROFESORES

Dra. Angélica González Oliver

Biólogo Héctor Alessandro López Hernández

Bióloga Guadalupe Eduwiges Alarcón González

Laboratorio Antropología Molecular. Facultad Ciencias, UNAM.

El objetivo general del curso es revisar los conceptos básicos de la Antropología Molecular, que es una línea de investigación relativamente reciente e interesante, y de interés para un amplio sector de la comunidad científica.

Objetivos particulares:

1. Adquirir experiencia en revisar artículos científicos relevantes, incluyendo los más recientes, ya que son las fuentes originales de la información científica.

2. Conocer el reglamento de seguridad del Laboratorio de Antropología Molecular y las medidas preventivas en el estudio del DNA moderno.

3. Aprender la edición de secuencias del DNA y el alineamiento múltiple.

4. Aprender a utilizar distintos softwares para el análisis estadístico del DNA mitocondrial u otros marcadores genéticos vistos en la literatura.

Contenido Temático en las clases Teóricas:

1. Estadística

1.1 Estadística (repaso).

1.2 Teorías de probabilidad (p).

1.3 Tipos de hipótesis y estadística inferencial.

1.4 Análisis de datos: AMOVA, pruebas no paramétricas, PCA y visualización.

1.5 Visualización de datos en R.

1.6 Bioinformática.

2. Genética de Poblaciones y Evolución

2.1 Conceptos de Evolución.

2.2 Fuerzas evolutivas: mutación, migración, deriva génica y selección natural.

2.3 Teoría Neutral de la Evolución y Evolución Molecular.

2.4 Genética de Poblaciones: frecuencias alélicas (y haplotípicas), cambios de tamaño poblacional y estructura poblacional.

3. Antropología Molecular y herramientas bioinformáticas

Se realizará lectura y discusión de artículos.

3.1 Argumentos Éticos para la recolección y resguardo de información genética.

3.2 DNA mitocondrial en México.

3.3 DNA genómico.

3.4 La antropología molecular en tiempos de las herramientas de secuenciación.

Contenido Temático en las clases teóricas-“prácticas”:

1. Método de secuenciación tipo sanger.

2. Métodos de secuenciación masiva.

3. Edición de secuencias de DNA y alineamiento múltiple.

4. Diversidad genética.

5. Análisis de datos: equipos de cómputo y programas (Haplogrep).

EL HORARIO SERÁ DEFINIDO CON LOS ALUMNOS INSCRITOS
Y SE REQUIERE DE DOS DIAS A LA SEMANA CON TRES HORAS CADA UNO. Uno de los días serán las clases por las tardes.

Evaluación.

Asistencia obligatoria

Participación en clase 100%

Realización de tareas y ejercicios.

Literatura

1. Alpaslan-Roodenberg, S., Anthony, D., Babiker, H. et al. 2021. Ethics of DNA research on human remains: five globally applicable guidelines. Nature 599, 41–46. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04008-x

2. Amorim, C., Nunes, K., Meyer, D., Comas, D., Bortolini M., Salzano, F., Hünemeier, T. 2017. Genetic signature of natural selection in first Americans. 2017. Proceedings of the National Academy of Sciences 114 (9) 2195-2199.

3. Andrés, M.-E. et al. 2014. The genetics of Mexico recapitulates Native American substructure and affects biomedical traits. Science (80-. ). 344, 1280–1285

4. Bodner M, Perego UA, Gomez JE, et al. The Mitochondrial DNA Landscape of Modern Mexico. Genes (Basel). 2021. Published 2021, 12(9):1453. doi:10.3390/genes12091453

5. Claw, K.G., Anderson, M.Z., Begay, R.L. et al. 2018. A framework for enhancing ethical genomic research with Indigenous communities. Nat Commun. 9, 2957.

6. Cruz, I. D. L., González-Oliver, A., Kemp, B. M., Román, J. A., Smith, D. G., & Torre-Blanco, A. 2008. Sex identification of children sacrificed to the ancient Aztec rain gods in Tlatelolco. Current Anthropology. 49(3), 519-526.

7. Curry, E. Introduction to Bioinformatics: a practical guide for biologist. 2020. Chapman and Hall/CRC. Nueva York, EE. UU.

8. Futuyma, D., Kirkpatrick, M. Evolution 4ta Edición. 2017. Sinauer Associates, Inc. Massachusetts, EE. UU.

9. García-Ortiz, H., Barajas-Olmos, F., Contreras-Cubas, C. et al. The genomic landscape of Mexican Indigenous populations brings insights into the peopling of the Americas. 2021. Nat Commun. 12, 5942. https://doi.org/10.1038/s41467-021-26188-w

10. Gillespie, J. H. 2004. Population genetics: a concise guide. JHU Press.

11. Hamilton, M. Population Genetics. 2009. Wiley-Blackwell, Publications. Oxford, Reino Unido.

12. Kemp, B. M., González-Oliver, A., Malhi, R. S., Monroe, C., Schroeder, K. B., McDonough, J., ... & Smith, D. G. 2010. Evaluating the Farming/Language Dispersal Hypothesis with genetic variation exhibited by populations in the Southwest and Mesoamerica. Proceedings of the National Academy of Sciences. 107(15), 6759-6764.

13. Morales-Arce, A.Y., McCafferty, G., Hand, J. et al. Ancient mitochondrial DNA and population dynamics in postclassic Central Mexico: Tlatelolco (AD 1325–1520) and Cholula (AD 900–1350). 2019. Archaeol Anthropol. Sci 11, 3459–3475 https://doi.org/10.1007/s12520-018-00771-7

14. Pagani L, Destro Bisol G. 2021. Next questions in Molecular Anthropology. Journal of Anthropological Sciences = Rivista di Antropologia JASS. 99:157-158. DOI: 10.4436/jass.99013. PMID: 34677142.

15. Yichen, L. et al. 2021. Insights into human history from the first decade of ancient human genomics. Science. 373, 1479–1484

16. Zar M.S., Aslamkhan M. 2020. Ancient DNA Analysis and Its Relevance in Forensic DNA Fingerprinting. In: Shrivastava P., Dash H.R., Lorente J.A., Imam J. (eds) Forensic DNA Typing: Principles, Applications and Advancements. Springer, Singapore. https://doi.org/10.1007/978-981-15-6655-4_7