Biología (plan 1997) 2022-2

Optativas, Microbiología

Bienvenid@s a la clase de Microbiología del semestre 2022-2.

La materia se impartirá todos los Martes y Viernes de 2:30 pm a 5:30 pm (hora de la CDMX). Aquí abajo les dejo el link al Google Meet en donde se presentará la materia el día Martes 15 de Febrero a las 2:30 pm. Una vez que hayan decidido inscribirse de manera oficial, recibirán una invitación al Google Classroom asociado en el que compartiré documentos, haremos los exámenes (como formularios de Google Forms) y se darán a conocer anuncios generales.

El curso completo está considerado como de Modalidad 100% Virtual por parte de la Facultad; sin embargo, los profesores de la materia intentaremos realizar algunas prácticas de laboratorio (sujeto a disposición y cambios). Los detalles de esto los discutiremos en la sesión de presentación de curso, que será el día Martes 15 de Febrero a las 2:30 pm a través de Google Meet. El curso será impartido en modalidad mixta, por lo que no existirá como tal un profesor de Teoría y uno de Laboratorio, sino que ambos profesores adoptarán estrategias teóricas y prácticas como método de enseñanza.

NOTA: Dadas las dificultades, limitantes y burocracia actualmente asociadas a la planeación de las sesiones prácticas, los detalles de las mismas (si es que de hecho se logra) serán abordadas un poco más adelante en este espacio o en el día de la presentación de la materia. Nuevamente, gracias por la comprensión y la paciencia.

Mientras tanto, se plantea el temario que impartirá el profesor M.C. Octavio A. Moreno Guillén. De nuevo, los detalles sobre el mismo serán abordados el día de la presentación del curso.

>>Descripción general del temario que seguirá el profesor Octavio A. Moreno Guillén<<

El temario de Microbiología -detallado líneas abajo- se divide en tres grandes secciones. En las primeras dos, l@s estudiantes aprenderán los fundamentos teóricos y analíticos mediante las clases basadas en diapositivas y la participación activa de l@s estudiantes (otros métodos didácticos podrían emplearse también, como la discusión grupal de los temas, exposiciones, lecturas asignadas, etc.); mientras que en el último tercio, todos los conocimientos adquiridos serán puestos a prueba con el estudio interdisciplinario del SARS-CoV-2 (el virus causante de la enfermedad conocida como COVID-19). Aplicando los conocimientos base, aprenderemos sobre el genoma del SARS-CoV-2, qué procesos moldean su genoma, la aparición de las variantes del virus, el desarrollo de las vacunas, las limitantes de las mismas y, utilizando conceptos básicos de teoría evolutiva, trataremos de hacer predicciones sobre el curso de la pandemia.

Objetivo: Que l@s estudiantes puedan comprender de qué forma el desarrollo tecnológico dentro de la Microbiología (en su enfoque tanto teórico como práctico) ha sido fundamental en todo lo relacionado al desarrollo de la pandemia, que incluye desde las técnicas de secuenciación del virus, el análisis del genoma (y sus variantes), hasta el consecuente desarrollo de las vacunas.

>>>TEMARIO<<<

>> 1.- Diversidad Genética. Fundamentos

1.1) El concepto de Mutación

1.2) La Tasa de Sustitución

1.3) Transferencia Horizontal de Genes (HGT)

>> 2.- Genómica Microbiana

2.1) Introducción a la Genómica

2.2) Generalidades del Genoma Procarionte

2.3) ¿Qué procesos moldean los Genomas?

2.4) Duplicación Genética

2.5) Familias proteicas

>> 3.- Bioinformática

3.1) Historia de la Bioinformática

3.2) Similitud e Identidad

3.3) Matrices de Sustitución

3.4) Alineamientos

3.5) El concepto de la Distancia Genética

3.6) Bases de Datos. El GeneBank, Pfam y el PDB.

>> 4.- Inferencia Filogenética

4.1) Inferencia de Hipótesis Evolutivas

4.2) Interpretación. Árboles y Dendrogramas

4.3) Diversidad Procarionte. Perspectivas desde la Genómica

4.4) El árbol de la Vida

>> 5.- Metagenómica

5.1) Introducción a la Metagenómica

5.2) Marcadores Moleculares (16S rRNA, Proteínas Ribosomales)

5.3) La Materia Oscura Procarionte

5.4) Introducción a la Biología Estructural (Opcional)

>> 6.- Estudio de Caso: El SARS-CoV-2

6.1) Genoma

6.2) Origen

6.3) Proteoma: La proteína "S", la NSP 3 y la ExON 14

6.4) Las variantes. Perspectiva Evolutiva

6.5) Las vacunas. Generalidades y Limitantes

6.6) ¿Podemos predecir el curso Pandemia?

>>>Método de Enseñanza y Criterios de Evaluación<<<

El principal método de enseñanza será mediante clases en línea (a través de reuniones en Google Meet) impartidas por el profesor Octavio Moreno; sin embargo, la participación de los alumnos mediante exposiciones orales de temas relacionados a la materia (a veces referidos como seminarios de investigación) y la invitación de expertos en algún tema de relevancia distintiva, también podrán ser recursos de enseñanza y aprendizaje a disposición y consideración.

De manera general, y considerando las actividades en línea como recurso primario, la calificación final sería producto de las siguientes contribuciones:

Tareas/Ensayos/Reportes de artículo = 30%

Participación en clase = 20%

Seminarios o presentación de temas por parte de alumnos = 20%

Exámenes = 30%

>>> Sugerencias (solo aplican a los criterios/actividades del profesor Octavio A. Moreno Guillén):

- Conocimientos Básicos de Biología Molecular y Evolución (no será obligatorio).

- Capacidad para mantener un alto grado de concentración durante las clases (muy deseable).

- Dada la imposibilidad de grabar las clases (detalles en la presentación del curso), compromiso con el horario de la materia.

- Ganas de participar activamente en la materia, ya sea mediante participaciones o actividades asincrónicas (tareas).

>>> Aclaraciones (solo aplican a los criterios/actividades del profesor Octavio A. Moreno Guillén):

- La participación no es obligatoria pero sí muy útil para acceder a las calificaciones más altas (8,9,10).

- La asistencia a las sesiones sincrónicas (clases en línea) de mi parte del curso no es obligatoria.

- A pesar de lo que podría parecer, esto será una clase de Microbiología. NO se enseñará Bioinformática, programación, ni computación (por lo que no será necesario instalar/aprender un lenguaje de programación para la materia). Los temas que requieran de programas de cómputo para ejemplificar conceptos se enseñarán a través de sitios de análisis gratuitos (software corriendo en servidores de internet de acceso público).