Encabezado Facultad de Ciencias
Presentación

Biología (plan 1997) 2022-2

Segundo Semestre, Sistemática I

Grupo 5107, 30 lugares. 28 alumnos.
Profesor Omar Ávalos Hernández ju 14:30 a 17:30
Profesor Mirza Patricia Ortega Olivares lu 14:30 a 16:30
 

Código de Google Classroom qky3wbr

Una vez inscritos deben unirse al grupo de classroom

https://classroom.google.com/c/NDU3MzU4MTgzOTk5?cjc=qky3wbr

Primera sesión lunes 14 febrero 2022 14:30

Enlace meet para la primera reunión se publica en el grupo de classroom

Aprendizajes esperados. Los conocimientos y habilidades mínimas que adquirirán todos los alumnos que les servirá en su vida profesional. Al final del curso los alumnos serán capaces de:

  • Seleccionar un concepto y una definición de especies adecuados.
  • Reconocer una clasificación biológica.
  • Interpretar filogenias.
  • Expresar correctamente los nombres científicos.
  • Describir el proceso de construcción de filogenias moleculares.
  • Reconocer la importancia de las colecciones y la recolecta.

Evaluación

Prácticas, ejercicios, cuestionarios 50%

Evaluaciones parciales 50%

Resumen Forma de trabajo:

  • Videoconferencias en horario de clase
  • Videos grabados material propio (Youtube)
  • Prácticas, ejercicios y cuestionarios (individuales y por equipo)
  • Reportes de lectura
  • Foros de discusión.

Forma de trabajo

  • La comunicación, envió de archivos, mensajes, exámenes, tareas, dudas, se hará por la plataforma Classroom.
  • Los conceptos básicos se presentarán en videos grabados (max. 10 min por video) por los profesores que se subirán a Youtube o por medio de lecturas.
  • Se enviarán lecturas previas o complementarias, las cuales se discutirán en clase y se pedirá un reporte o responder un cuestionario.
  • Habrá foros de discusión en Classroom donde se podrán poner dudas o se harán preguntas específicas para promover la discusión grupal. La participación en las discusiones se considerará en la evaluación del curso.
  • Se realizarán sesiones de videoconferencia por Google meet serán para resolver dudas, revisar evaluaciones y ejercicio, o para explicar conceptos complejos. Las videoconferencias se grabarán y estarán disponibles todo el semestre. No se hará videoconferencias todas las clases.
  • Se pedirán ejercicios, prácticas, investigaciones y cuestionarios, individuales y por equipos de máximo 4 personas. Estas actividades, junto con los reportes de lectura y participación en foros tendrán un valor de 50% de la calificación.
  • Se realizarán cuatro evaluaciones parciales que pueden ser exámenes en línea, proyectos de investigación, ensayos, exámenes "a casa". Esas evaluaciones tendrán un valor del 50% de la calificación.

Formas de evaluación:

  • Exámenes en línea
  • Ejercicios
  • Cuestionarios
  • Proyectos
  • Reportes de lectura

Recursos y plataformas utilizados:

  • Classroom
  • Youtube
  • Google meet
  • Telegram

Reglas del curso

  • Examen final solo si el alumno lo solicita y debe haber presentado mínimo el 80% de las evaluaciones.
  • No se puede renunciar a la calificación si se cumplió con 80% del curso.
  • Derecho a una reposición de examen reprobado.
  • Las prácticas y tareas se entregan sólo el día indicado.
  • Los decimales 0.5 suben a la calificación superior excepto si la calificación es reprobatoria, 5.99 es 5
  • No se pondrá NA ni NP si la calificación es aprobatoria.

Calendario

Fecha

Clases

Temas

Profesor

14 febrero

1

1. Presentación / Introducción

OAH

17 febrero

1

2. Historia de la sistemática

MPOO

21-24 febrero

2

3. Concepto de especie

OAH

28 febrero-

3 marzo

2

4. Patrones de especiación

OAH

7 marzo

1

EVALUACIÓN 1

10-17 marzo

3

5. Caracteres y homología

MPOO

24 marzo

1

6. Evolucionismo y clasificaciones

OAH

28 marzo

1

7. Fenética

OAH

31 marzo

1

EVALUACIÓN 2

4-25 abril

5

8. Cladismo

MPOO

28 abril-2 mayo

2

9. Nomenclatura y literatura taxonómica

MPOO

5 mayo

1

EVALUACIÓN 3

9-23 mayo

5

10. Filogenias moleculares

OAH

26 mayo

1

11. Colecciones biológicas

MPOO

30 mayo

1

EVALUACIÓN 4

Temario

1. Presentación / Introducción

Aprendizajes esperados.

  • Objetivos y aprendizajes esperados del curso
  • Reconocer patrones cotidianos
  • Forma de trabajo y evaluación
  • Explicar la relación entre los patrones y los procesos que los forman
  • Patrones y procesos en sistemática
  • Identificar los patrones y procesos que estudia la sistemática
  • Actividades de la sistemática
  • Listar las tareas de la sistemática

2. Historia de la sistemática

  • Taxonomía folk
  • Discutir los cambios históricos de la naturalidad de las clasificaciones
  • Clasificaciones naturales a lo largo de la historia (historia de la naturalidad)
  • Distinguir los tipos de esencias y las ideas esencialistas en la taxonomía
  • Esencia y esencialismos
  • Listar las aportaciones de Lineo a la sistemática moderna
  • Edad media (gran cadena del ser, nominalistas vs realistas teológicos)
  • Reconocer las ideas principales de las escuelas clasificación del siglo XX
  • Renacimiento (fijismo y transmutualismo)
  • Reconocer la aportación de los caracteres moleculares a la sistemática actual
  • Linneo
  • Evolucionistas
  • Escuelas del siglo XX
  • Caracteres moleculares

3. Concepto de especie

  • Diferencia entre concepto y delimitación de especies
  • Distinguir entre los conceptos y las delimitaciones de especies
  • Realismo y nominalismo actual
  • Comparar entre las ideas realistas y nominalistas
  • Especies como clases o individuos
  • Diferenciar entre la definición de especies como clases o como individuos
  • Concepto General de Linajes
  • Explicar la definición de especie como linajes de metaploblaciones
  • Delimitación de especies (comúnmente llamados "conceptos" biológico, fenético, evolutivo, ecológico, filogenético, etc.)
  • Evaluar las diferentes formas de delimitar a las especies.

4. Patrones de especiación

  • Concepto de especiación
  • Distinguir entre la especiación anagenética y cladogenética
  • Especiación anagenética, reductiva y cladogenética
  • Distinguir entre la especiación alopatrida y simpatrida
  • Alopatria, simpatria, parapatría
  • Relacionar los mecanismos de aislamiento y los factores con los tipos de especiación
  • Factores de especiación extrínsecos e intrínsecos
  • Reconocer el papel del flujo génico y la hibridación en la especiación
  • Mecanismos de aislamiento reproductivo

5. Caracteres y homología

  • Concepto de estructura, carácter y estado de carácter
  • Identificar caracteres y estados de carácter de organismos
  • Homólogos y análogos
  • Discutir la relación entre homología y analogía
  • Apomorfías y plesiomorfías
  • Explicar la relación entre plesiomorfías y apomofías
  • Homólogos compartidos (sinapomorfías, simplesiomorfías)
  • Explicar el uso de sinapomorfías para reconocer grupos monofiléticos
  • Grupos monofiléticos y no monofiléticos
  • Distinguir entre homología y homogenia
  • Homogenia y homoplasia
  • Construir e interpretar una matriz de caracteres
  • Matriz de caracteres y codificación

6. Evolucionismo y clasificaciones

  • Principios del evolucionismo
  • Comparar las ideas evolucionistas y cladistas
  • Grupos parafiléticos en las clasificaciones
  • Reconocer las funciones de una clasificación
  • Criterio de autoridad
  • Evaluar las clasificaciones según el contenido de información
  • Concepto de grado
  • Reconstruir la filogenia a partir de una clasificación
  • Clasificaciones y filogenia
  • Obtener una clasificación a partir de una filogenia

7. Fenética

  • Orígenes y fundamentos
  • Explicar las bases de la fenética
  • Similitud y clasificaciones
  • Distinguir un fenograma de otros dendogramas
  • Índices de similitud
  • Construir un fenograma
  • Características de los fenogramas
  • Interpretar un fenogama
  • Aplicaciones de los métodos fenéticos en sistemática y en otros campos
  • Reconocer cuando es útil el método fenético.

8. Cladismo

  • Conceptos y términos básicos del cladismo
  • Recuperar la información que contiene un cladograma
  • Interpretación de cladogramas
  • Construir un cladograma
  • Polarización
  • Discutir el uso de la parsimonia como herramienta metodológica
  • Construcción de cladogramas
  • Calcular e interpretar medidas de ajuste de un cladograma
  • Parsimonia como criterio de optimización
  • Interpretar medidas de soporte de las ramas de un cladograma
  • Medidas de ajuste y de soporte
  • Optimizar caracteres
  • Optimización de caracteres
  • Describir el proceso de las búsquedas heurísticas
  • Métodos de búsqueda de árboles
  • Interpretar los árboles de consenso.
  • Árboles consenso

9. Nomenclatura y literatura taxonómica

  • Trabajos en sistemática y taxonomía
  • Identificar los trabajos producidos en sistemática y la función de cada uno
  • Reglas de nomenclatura
  • Expresar correctamente los nombres científicos
  • Sinonimia, homonimia
  • Identificar las sinonimias y las homonimias
  • Tipos nomenclaturales y de clasificación
  • Listar los tipos nomenclaturales
  • Reconocer la función de los tipos en la nomenclatura.

10. Filogenias moleculares

  • Conceptos básicos de genética
  • Discutir las ventajas y desventajas de las filogenias con caracteres moleculares
  • Homología en caracteres moleculares
  • Construir una filogenia con genes desde la obtención de las secuencias hasta la estimación de las relaciones.
  • Árboles de genes y árboles de especies
  • Distinguir entre la parsimonia y la probabilidad como criterio de optimización
  • Secuenciación
  • Describir los principios de la verosimilitud para la prueba de hipótesis
  • Alineamiento de secuencias
  • Explicar la función del modelo evolutivo en los métodos probabilísticos
  • Filogenómica
  • Diferenciar entre la máxima verosimilitud y los métodos bayesianos
  • Métodos de construcción de árboles basados en distancia
  • Describir los fundamentos del reloj molecular
  • Máxima parsimonia
  • Máxima verosimilitud
  • Bayesianos
  • Modelos evolutivos
  • Reloj molecular

11. Colecciones biológicas

  • Tipos de colecciones
  • Describir los elementos y el funcionamiento de una colección biológica
  • Funcionamiento de una colección
  • Reconocer la importancia de las colecciones
  • Funciones e importancia
  • Ejemplificar una aplicación concreta de las colecciones
  • Uso de las colecciones para resolver problemas de la sociedad

Bibliografía básica:

Amorim, D. S. 1994. Elementos Básicos de Sistemática Filogenética. Soc. Bras. Ent. São Paulo, Brasil. 314p.

Crisci, J. V. & M. F. López Armengol. 1983. Introducción a la Teoría y práctica de la taxonomía numérica. O. E. A. Washington, USA. 98p.

Eldredge, N. & Cracraft. 1980. Phylogenetic patterns and the evolutionary process: Method and theory in comparative biology. Columbia University Press, New York. 349p.

Hennig, W. 1968. Elementos de una sistemática filogenética. Eudeba, Buenos Aires. 263p.

Kitching, I.J., P.L. Forey, C.J. Humphries y D.M. Williams. 1998. Cladistics: The Theory and Practice of Parsinomy Analysis. 2da edición. Oxford University Press, Nueva York. 228p.

Morrone, J.J. 2001. Sistemática, biogeografía, evolución: Los patrones de la biodiversidad en tiempo espacio. Las prensas de Ciencias, UNAM, México, D.F.

Morrone, J.J., A. N. Castañeda-Sortibrán, B. E. Hernández-Baños & A. Luis-Martínez (eds.). 2004. Manual de prácticas de sistemática. Las Prensas de Ciencias, Facultad de Ciencias (UNAM), México, D.F., 126p.

Wheeler, W.C. 2012. Systematics: A Course of Lectures. Wiley-Blackwell, Reino Unido. 426p.

Wiley, E. 1981. Phylogenetics: The theory and practice of phylogenetic systematics. John Wiley and Sons Inc. New York. 439p.

Bibliografía complementaria:

Archibald, K. J., M. E. Mort & D. J. Crawford. 2003. Bayesian inference of phylogeny: a non-technical primer. Taxon 52: 187-191

Brooks, D., & D. A. McLennan. 2002. The nature of diversity: an evolutionary voyage of discovery. University of Chicago Press, Chicago. 668p.

Cracraft, J. 2002. The seven great questions of systematic biology: an essential foundation for conservation and the sustainable use of biodiversity. Ann. Missouri Bot. Gard. 89:127-144.

Desalle R, G. Giribet & W. Wheller 2002. Techniques in molecular systematics and evolution. Birkhäuser Verlag, Basel. 407p.

Felsenstein, J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer, Sunderland.Goloboff, P. A. 2003. Parsimony, likelihood, and simplicity. Cladistics 19:91-103.

Howard, D.J. & S.H. Berlocher (eds) 1998. Endless forms: species and speciation. Oxford University Press, Oxford. 470p.

Huelsenbeck, J. P., B. Larget, R. E. Miller, & F. Ronquist. 2002. Potential applications and pitfalls of bayesian inference of phylogeny. Syst. Biol. 51:673-688.

Huelsenbeck, J. P., F. Ronquist, R. Nielsen, & J. P. Bollback. 2001. Bayesian inference of phylogeny and its impact on evolutionary biology. Science 294:2310-2314.

Mayr, E., & W. J. Bock. 2002. Classifications and other ordering systems. J. Zool. Syst. Evol. Research 40:169-194.

Wagner, G. P. (ed) 2001. The character concept in evolutionary biology. Academic Press, London. 622p.

Wheeler, Q. D., & R. Meier (eds) 2000. Species concepts and phylogenetic theory. Columbia University Press, New York 230p.

Hennig, W., Davis, D. D., & Zangerl, R. (1999). Phylogenetic systematics. University of Illinois Press.

Wiley, E. O., & Mayden, R. L. (1985). Species and speciation in phylogenetic systematics, with examples from the North American fish fauna. Annals of the Missouri botanical Garden, 596-635.

 


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