Encabezado Facultad de Ciencias
Presentación

Biología (plan 1997) 2021-2

Quinto Semestre, Taller Nivel 1

Grupo 5557 4 alumnos.
Sistemática molecular: enfoque de estudio de la diversidad biológica
Profesor Adrián Nieto Montes de Oca
Profesor Rosario Mata López
Profesor Magali Blanca Isabel Honey Escandón
Profesor Jorge Damián López Caballero
Profesor Sara Angélica Ramírez Cañas
Profesor José Daniel Lara Tufiño
 

SISTEMÁTICA MOLECULAR:

ENFOQUE DE ESTUDIO DE LA DIVERSIDAD BIOLÓGICA

Responsable: Dr. Adrián Nieto Montes de Oca, coordinador y responsable del taller; Profesor Titular C de TC, Sistemática y biogeografía de anfibios y reptiles, Colección de Herpetología, Museo de Zoología “Alfonso L. Herrera” Facultad de Ciencias, UNAM. anietomontesdeoca@me.com

Profesores participantes:

Dra. Rosario Mata López, Profesora Titular A de TC, Sistemática y evolución de helmintos parásitos de vertebrados terrestres, Departamento de Biología Evolutiva, Facultad de Ciencias, UNAM. rmatalopez@ciencias.unam.mx

Dra. Magali Blanca Isabel Honey Escandón, Profesora de Asignatura A, Facultad de Ciencias, UNAM. mbihoney@ciencias.unam.mx

Dr. Jorge Damián López Caballero, Profesor de Asignatura B, Facultad de Ciencias, UNAM. jorgedlopezc@ciencias.unam.mx

M. en C. Sara Angélica Ramírez Cañas, Profesora de Asignatura A, Facultad de Ciencias, UNAM. saracanas@ciencias.unam.mx

M. en C. José Daniel Lara Tufiño, Profesor de Asignatura A, Facultad de Ciencias, UNAM. jdanieluah@hotmail.com

A todos los estudiantes interesados en el taller:

Tendremos una reunión informativa el viernes 19 de febrero a las 12:00 hrs. para ello es necesario que envíen un correo electrónico a los profesores Adrián Nieto Montes de Oca y Rosario Mata López para confirmar su asistencia a la reunión.

El link para la reunión:

meet.google.com/ppn-eeri-grr


En esa primera reunión, los profesores daremos los pormenores del curso, pero nos parece importante proporcionarles la siguiente información general:

Siguiendo las indicaciones dadas por las autoridades universitarias, las sesiones del primer nivel serán impartidas de manera virtual, atendiendo principalmente la disponibilidad de medios virtuales, por lo que se usarán los recursos digitales otorgados gratuitamente por la UNAM: Google Classroom para manejo general del curso y Meet para las sesiones virtuales. El horario en el cual se realizarán las sesiones sincrónicas es Martes y Jueves de 16:00 a 18:00 hrs. Las dos horas restantes se usarán para realizar actividades de manera asincrónica.

Este taller está dirigido a los estudiantes de biología interesados en estudiar la biodiversidad en sus diferentes niveles: molecular, morfológico y ecosistémico, teniendo como objetivo principal que los estudiantes obtengan los conocimientos esenciales para estudiar diversos grupos biológicos, atendiendo aspectos taxonómicos, filogenéticos, biogeográficos, entre otros. Por ello, con base en los grupos biológicos que los profesores del taller abordan en su grupo de trabajo y la colaboración con otros profesores que abordan el estudio de otros grupo de vertebrados e invertebrados y plantas, tratamos temas desde estudios faunísticos, revisiones taxonómicas, delimitación de especies y asociaciones biológicas como el parasitismo, donde integramos diferentes fuentes de información como la morfológica y la biología molecular. Debido a esto, nos parece importante que se traten temas enfocados a los diferentes métodos de obtención de información para su manejo y aplicación al grupo biológico que elijan para diseñar y realizar su proyecto de investigación, pero también que tengan los conocimientos necesarios para que en el futuro continúen su desarrollo académico, ya sea en programas de posgrado o se integren a algún grupo de investigación. Los profesores del taller contamos con recursos tanto materiales (material de campo, material de laboratorio, microscopios e insumos) como de financiamiento (proyectos de investigación).

Si tienes alguna duda, por favor, envía un mensaje a las siguientes direcciones de correo:

anietomontesdeoca@ciencias.unam.mx

rmatalopez@ciencias.unam.mx

Les dejamos el link de la presentación:

https://drive.google.com/file/d/1aBTmp6Sb_Zm9dgyHMZ6MH4Ed1yWqAKfJ/view?usp=sharing

PLAN DE TRABAJO Y TEMARIO DEL TALLER

NIVEL I

Fecha

Profesor

9 y 11 marzo

Exposición de los proyectos que desarrollan los profesores.

Todos

16 y 18 marzo

  1. Biodiversidad y sistemática.
  2. Homología.
  3. Fuentes de información morfológica y molecular.

Rosario

23 y 25 marzo

  1. Sistemática molecular.

4.1. Datos usados en Sistemática molecular.

Jorge

6 y 8 abril

13 y 15 abril

20 y 22 abril

5. Generación de datos moleculares y manipulación de secuencias.

5.1. Técnicas para la obtención de secuencias de DNA (extracción, amplificación, secuenciación Sanger, secuenciación de nueva generación).

5.2. Tipos de archivos usados en análisis bioinformáticos.

5.3. Bases de datos moleculares (secuencias de nucleótidos, secuencias de proteínas, genomas).

5.4. Herramientas de búsqueda en bases de datos

Sara

27 y 29 abril

4 y 6 mayo

11 y 13 mayo

  1. Homología molecular y alineamiento de secuencias de DNA.
    1. Tipos de sustituciones, repeticiones, gaps.
    2. Visualización y edición de secuencias.
    3. Tipos de alineamientos
    4. Programas de cómputo y algoritmos (Clustal, Muscle, Altavist) para alinear secuencias de DNA.

Daniel

18 y 20 mayo

25 y 27 mayo

  1. Modelos de sustitución nucleotídica para la inferencia filogenética.
    1. Selección de modelos de sustitución nucleotídica.
    2. Heterogeneidad en patrones de sustitución.
  2. Estimación de las distancias genéticas (observadas y ponderadas).

Rosario

1 y 3 junio

8 y 10 junio

15 y 17 junio

  1. Inferencia filogenética.
    1. Métodos de distancia (Neighbor-Joining).
    2. Inferencia por Máxima Parsimonia.
    3. Máxima Verosimilitud
    4. Inferencia Bayesiana

Magali

22 y 24 junio

  1. Prueba de modelos y de topologías.
    1. hLRTs, o prueba de Kishino-Hasegawa, prueba de Shimodaira-Hasegawa

Nivel II

  1. Aplicación de la sistemática molecular a problemas específicos.

Identificación y delimitación de especies.

Biogeografía Molecular.

Filogeografía.

Evolución morfológica (especies crípticas).

3. Técnicas de laboratorio en biología molecular.

4. Aspectos teóricos y prácticos de la elaboración de un trabajo científico.

5. Búsquedas bibliográficas electrónicas.

6. Diseño de anteproyecto.

Niveles III y IV

1. Desarrollo del proyecto de tesis.

2. Trabajo de laboratorio en técnicas moleculares.

3. Trabajo de laboratorio en técnicas de morfología.

ACTIVIDADES:

- Cursos teórico-prácticos.

- Discusión de artículos relacionados con el temario.

- Prácticas de laboratorio sobre Técnicas de sistemática molecular.

- Prácticas de cómputo.

- Realización de búsquedas bibliográficas.

- Elaboración de redes conceptuales.

EVALUACIÓN:

- Examen por tema o grupo de temas.

- Ensayos de los artículos discutidos en clase.

- Trabajo semestral escrito.

- Trabajo semestral expuesto.

- Asistencia y participación.

Bibliografía recomendada:

AVISE, J. C. (2000). Phylogeography. The history and formation of species. Harvard University Press, Cambridge, England: pp 474.

BAUM, D. A. and SMITH, S. D. (2013). Tree Thinking: An introduction to phylogenetic biology. Roberts and Company Publishers, Greenwood Village, Colorado.

DESALLE, R. GIRIBET, G. and WHEELER, W. (2002). Molecular systematics and Evolution. Basel, Birkhauser Verlag.

EGUIARTE, L., SOUZA, V. y AGUIRRE, X. (Comps.) (2007). Ecología molecular. INE-SEMARNAT-CONABIO, México: pp 592.

HALL, B. G. (2011) Phylogenetic trees made easy: A how to manual. Sinauer. 179 pp.

HARTL, D. L. y CLARK, A. G. (2006). Principles of population genetics. Sinauer Associate, Inc. Publishers, Sunderland, Massachusetts: pp. 545.

HILLIS, D. M., MORITZ, C. and MABLE B. K. (1996). Molecular Systematics. Second Edition. Sinauer Associates.

LEMEY, P., SALEMI, M. and VANDAMME, A. M. (Eds.). (2009). The phylogenetic handbook: a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing. Cambridge University Press. 723 pp.

MATA-LÓPEZ, R., A. N. CASTAÑEDA S., E. A. GARCÍA-TREJO., M. HONEY- ESCANDÓN, M. B. MENDOZA-GARFIAS y P. AGUILAR-CERVANTES. (Coords.). (2018). Sistemática Molecular y Bioinformática. Guía práctica. Las Prensas de Ciencias, Facultad de Ciencias, UNAM. Ciudad de México. ISBN 978-607-30-0171-7. 499 p.

PAGE, R. D. M. (2003). Tangle Trees: phylogeny, coespeciation, and coevolution. The University of Chicago Press, Chicago, U.S.A.: pp 378.

WHEELER, W. D. 2012. Systematics: A Course of Lectures. Wiley‐Blackwell, Oxford, 426 pp.

YANG Z. 2014. Molecular Evolution: A Statistical Approach. Oxford University Press. 512 pp.

 


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