Encabezado Facultad de Ciencias
Presentación

Biología (plan 1997) 2020-1

Quinto Semestre, Taller Nivel 1

Grupo 5603 3 alumnos.
Sistemática molecular: enfoque de estudio de la diversidad biológica
Profesor Adrián Nieto Montes de Oca
Profesor Rosario Mata López
Profesor Magali Blanca Isabel Honey Escandón
Profesor Jorge Damián López Caballero
Profesor Sara Angélica Ramírez Cañas
Profesor José Daniel Lara Tufiño

 

LOS ALUMNOS INTERESADOS EN EL TALLER PUEDEN INSCRIBIRSE DESDE HOY.

LES AGRADECEMOS SU INTERÉS.

SALUDOS

SISTEMÁTICA MOLECULAR:

ENFOQUE DE ESTUDIO DE LA DIVERSIDAD BIOLÓGICA

Responsable: Dr. Adrián Nieto Montes de Oca, coordinador y responsable del taller; Profesor Titular C de TC, Sistemática y biogeografía de anfibios y reptiles, Colección de Herpetología, Museo de Zoología “Alfonso L. Herrera” Facultad de Ciencias, UNAM. anietomontesdeoca@me.com

Profesores participantes:

Dra. Rosario Mata López, Profesora Titular A de TC, Sistemática y evolución de helmintos parásitos de vertebrados terrestres, Departamento de Biología Evolutiva, Facultad de Ciencias, UNAM. rmatalopez@ciencias.unam.mx

Dra. Magali Blanca Isabel Honey Escandón, Profesora de Asignatura A, Facultad de Ciencias, UNAM. mbihoney@ciencias.unam.mx

Dr. Jorge Damián López Caballero, Profesor de Asignatura A, Facultad de Ciencias, UNAM. jorgedlopezc@ciencias.unam.mx

M. en C. Sara Angélica Ramírez Cañas, Profesora de Asignatura A, Facultad de Ciencias, UNAM. huni@comunidad.unam.mx

M. en C. José Daniel Lara Tufiño, Profesor de Asignatura A, Facultad de Ciencias, UNAM. jdanieluah@hotmail.com

General

  • Que el estudiante adquiera una formación integral en el estudio de la diversidad biológica desde el enfoque de la sistemática molecular.

Particulares

Nivel I

  • Instruir al estudiante para su incorporación activa a alguno de los dos proyectos de investigación en desarrollo, en aspectos como la generación de datos moleculares (secuencias de nucleótidos), edición y empalme de los datos moleculares en programas de cómputo específicos, análisis de datos bajo un enfoque de los métodos usados en la sistemática molecular.

Nivel II

  • Que el estudiante proponga un proyecto de investigación particular, derivado de alguno de los proyectos que sustentan el taller e inicie el trabajo de laboratorio.

Nivel III

  • Que el alumno concluya con la generación de datos moleculares, e inicie el análisis de resultados.

Nivel IV

  • Que el alumno finalice el análisis de resultados, que compare y discuta sus resultados, y finalmente que redacte un trabajo compatible con una tesis de licenciatura.

PLAN DE TRABAJO Y TEMARIO DEL TALLER

NIVEL I

Fecha

Ma 13 agosto
  1. Diversidad biológica y sistemática molecular.

Fundamentos.

Homología.

Sistemática tradicional y sistemática molecular.

Consideraciones filosóficas.

Ju 15 – Ma 3 septiembre
  1. Introducción a los conceptos básicos en sistemática molecular y filogenia.

Información genética.

Dinámica de poblaciones.

Conceptos de especie.

Evolución y especiación.

Datos usados en filogenética molecular.

Marcadores moleculares.

Métodos para inferir árboles filogenéticos.

Árboles filogenéticos.

Ju 5 – Ma 24 septiembre
  1. Generación de datos básicos y manipulación de secuencias.

Técnicas para la generación de datos moleculares (extracción, amplificación, secuenciación Sanger, secuenciación de nueva generación).

Tipos de archivos usados en análisis bioinformáticos.

Bases de datos moleculares (secuencias de nucleótidos, secuencias de proteínas, genomas).

Herramientas de búsqueda en bases de datos (Entrez, SRS, por palabras clave, por similitud–alineamiento óptimo, BLAST, FASTA, otras herramientas y consideraciones generales).

Ju 26 septiembre - Ma 15 octubre
  1. Homología molecular y alineamiento de secuencias.

Repeticiones, sustituciones, gaps.

Visualización y edición de secuencias.

Alineamiento pareado, alineamiento múltiple (progresivo, iterativo, basado en consistencia, algoritmos genéticos, modelos markovianos), métodos de prueba de alineamiento múltiple.

Programas de cómputo y algoritmos (Clustal, Muscle, Altavist).

Bases de datos de alineamientos.

Ju 17 octubre – Ma 5 noviembre
  1. Modelos de sustitución nucleotídica para la inferencia filogenética.

Estimación de las distancias genéticas (observadas y ponderadas).

Selección de modelos de sustitución nucleotídica.

Heterogeneidad en patrones de sustitución.

Criterios de información frecuentista y bayesiano.

Ju 7 – Ma 21 noviembre
  1. Inferencia filogenética.

Modelos de distancia (Neighbor-Joining).

Inferencia por Parsimonia Máxima.

Métodos de Máxima Verosimilitud (estimación de parámetros).

Inferencia Bayesiana (cadenas de Markov, burn-in, modelos mezclados y convergencia, priors)

Nivel II

  1. Prueba de modelos y de topologías.

hLRTs, aproximaciones bayesianas, criterios de información, pruebas de verosimilitud para modelos anidados, bootstrap paramétrico y no paramétrico prueba de Kishino-Hasegawa, prueba de Shimodaira-Hasegawa, prueba de Swofford-Olsen-Waddell-Hillis.
  1. Aplicación de la sistemática molecular a problemas específicos.

Identificación y delimitación de especies (biocódigos de barras).

Biogeografía Molecular.

Filogeografía.

Evolución morfológica.

3. Técnicas de laboratorio en Biología Molecular.

4. Aspectos teóricos y prácticos de la elaboración de un trabajo científico.

5. Búsquedas bibliográficas electrónicas.

6. Medios de divulgación científica.

7. Diseño de anteproyecto.

Niveles III y IV

1. Desarrollo del proyecto de tesis.

2. Trabajo de laboratorio en técnicas moleculares.

3. Trabajo de laboratorio en técnicas de morfología.

ACTIVIDADES:

- Cursos teórico-prácticos.

- Discusión de artículos relacionados con el temario.

- Técnicas de laboratorio en sistemática molecular.

- Prácticas de cómputo en laboratorio.

- Realización de búsquedas bibliográficas.

- Elaboración de redes conceptuales.

EVALUACIÓN:

- Examen por tema o grupo de temas.

- Ensayos de los artículos discutidos en clase.

- Trabajo semestral escrito.

- Trabajo semestral expuesto.

- Asistencia y participación.

Bibliografía:

AVISE, J. C. (2000). Phylogeography. The history and formation of species. Harvard University Press, Cambridge, England: pp 474.

BAUM, D. A. and SMITH, S. D. (2013). Tree Thinking: An introduction to phylogenetic biology. Roberts and Company Publishers, Greenwood Village, Colorado.

DESALLE, R. GIRIBET, G. and WHEELER, W. (2002). Molecular systematics and Evolution. Basel, Birkhauser Verlag.

EGUIARTE, L., SOUZA, V. y AGUIRRE, X. (Comps.) (2007). Ecología molecular. INE-SEMARNAT-CONABIO, México: pp 592.

HALL, B. G. (2011) Phylogenetic trees made easy: A how to manual. Sinauer. 179 pp.

HARTL, D. L. y CLARK, A. G. (2006). Principles of population genetics. Sinauer Associate, Inc. Publishers, Sunderland, Massachusetts: pp. 545.

HILLIS, D. M., MORITZ, C. and MABLE B. K. (1996). Molecular Systematics. Second Edition. Sinauer Associates.

LEMEY, P., SALEMI, M. and VANDAMME, A. M. (Eds.). (2009). The phylogenetic handbook: a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing. Cambridge University Press. 723 pp.

MATA-LÓPEZ, R., A. N. CASTAÑEDA S., E. A. GARCÍA-TREJO., M. HONEY- ESCANDÓN, M. B. MENDOZA-GARFIAS y P. AGUILAR-CERVANTES. (Coords.). (2018). Sistemática Molecular y Bioinformática. Guía práctica. Las Prensas de Ciencias, Facultad de Ciencias, UNAM. Ciudad de México. ISBN 978-607-30-0171-7. 499 p.

PAGE, R. D. M. (2003). Tangle Trees: phylogeny, coespeciation, and coevolution. The University of Chicago Press, Chicago, U.S.A.: pp 378.

WHEELER, W. D. 2012. Systematics: A Course of Lectures. Wiley‐Blackwell, Oxford, 426 pp.

YANG Z. 2014. Molecular Evolution: A Statistical Approach. Oxford University Press. 512 pp.

 


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