Física Biomédica (plan 2015) 2019-2

Ciencias Biológicas, Genómica Viral

Primeras 2 Clases en el aula 5 de computo del Amoxcalli (interpiso antes de llegar a la biblioteca)

Genómica Viral

Facultad: De Ciencias, UNAM.

Plan de estudios: Física Biomédica, 2015

Clave: 0730

Modalidad: Optativa de Elección

Área: Médico-Biológico

Créditos: 4

Horas por semana: 2 de teoría y 0 de laboratorio.

Horas por semestre: 32 de teoría.

Horas por semana: 2 de teoría.

Profesor: Dr. Israel Torres Castro israel.torres.castro@ciencias.unam.mx

Ayudante: Barak Pérez Ramírez elamodelosvirus@ciencias.unam.mx

Metas

Contribuir en el desarrollo académico de los alumnos de la licenciatura de física biomédica interesados en las ciencias médico-biológicas. Promover la formación interdisciplinaria, que les permita a los alumnos interactuar y trabajar en equipo con otros profesionales de las ciencias biológicas y de la salud, con perspectiva a facilitar su futura integración a entornos laborales/profesionales multidisciplinarios como el hospitalario.

Introducir al alumno en los conocimientos teóricos del campo de la virología y específicamente de la genómica viral, a través de prácticas representativas, ponencias de expertos en temas específicos de la materia y diversas actividades integradoras encaminadas a fortalecer la capacidad crítica de los estudiantes.

Metodología de la enseñanza

Curso teórico-práctica.

Clase teórica del profesor con actividades de aprendizaje colectivo por parte de los alumnos. Se implementarán sesiones con prácticas para que los alumnos se familiaricen con algunas herramientas de bioinformática básicas. Además, invitará a algunos profesores expertos en ciertos tópicos particulares del área de la asignatura.

Evaluación

Exámenes (3) 60%

Tareas (15) 10%

Prácticas de bioinformática (2) 5%

Exposición (Métodos de secuenciación 3ª generación) y discusión de artículos científicos 10%

Revisión Bibliográfica de un tema actual en el área de la asignatura (entrega de 4 avances a lo largo del semestre) 20%

No, tranquilo, no hay error en las cuentas.

Temario

1 Introducción

2.1. Definiciones generales y discusión.

2.1.1. ¿Qué es un virus?

2.1.2. ¿Qué es la genómica?

2.2. Historia de la virología y de la genómica.

2 Estructura general de los virus y su genoma

2.1. Virus envueltos y desnudos.

2.2. Estructura de la cápside.

2.3. Genomas víricos de ADN, ARN.

2.4. Clasificación de los virus

3 Ciclos de vida

3.1. Adsorción y penetración viral.

3.2. Desnudamiento del virus.

3.3. Duplicación del genoma viral.

3.4. Producción de proteínas virales.

3.5. Ensamblaje del virus.

3.6. Liberación.

4 Genoma y proyectos de genomas

4.1. Estructura bioquímica del genoma, Dogma central de la biología molecular y código genético.

4.2. Localización de genes en el genoma.

4.3. Mapeo de genes.

4.3.1. Mapas genéticos o de ligamiento.

4.3.2. Mapas citológicos.

4.3.3 Mapas físicos (Secuenciación).

4.3.3.1 Estrategias de secuenciación (Sanger, Gilbert, Secuenciación masiva de segunda y tercera generación, aproximaciones jerárquicas y shotgun)

4.4 Funcionamiento del genoma.

4.4.1. Trancriptomas (primer producto de la expresión del genoma).

4.4.2. Proteomas (segundo producto de expresión del genoma).

5 Genomas de bacteriófagos

5.1. Lisis y lisogénia viral.

5.2. El particular caso del fago Mu

6 Elementos genéticos móviles y posible origen de los virus

6.1. Plásmidos.

6.2. Transposones y retrotransposones.

6.3. Elementos SINE y LINE.

7 Patogénesis viral

7.1. Efectos de las infecciones sobre las células:

7.1.1. Infecciones silenciosas o asintomáticas.

7.1.2. Infecciones agudas y persistentes.

7.1.3. Infecciones crónicas y latentes.

8 Prevención y tratamiento de las infecciones virales

8.1. Vacunas de virus atenuados e inactivados.

8.2. Vacunas recombinantes y de ARN.

8.3. Medicamentos antivirales y sus mecanismos de acción

9 Estudio y diagnóstico de las infecciones virales

9.1. Herramientas para el diagnóstico

9.1.1. Aislamiento de cultivos virales

9.1.2. Test de aglutinación

9.1.3. ELISA y RIA.

9.1.4. Western-blot.

9.1.5 PCR.

9.2. Herramientas para la investigación.

9.2.1. inmunohistoquímica.

9.2.2. Microscopia electrónica.

9.2.3. Inmunofluorescencia con Citometría de Flujo y/o Microscopía óptica de fluorescencia.

Referencias bibliográficas (básicas)

Blaco García, E. (2014). Fundamentos de informática en entornos bioinformáticos (2da. ed.): Editorial UOC.

Blanco García, E. (2014). Genómica computacional: Editorial UOC.

Brown, T. A. (2007). Mapping Genomes. In T. Brown (Ed.), Genomes 3 (Third ed., pp. 63-102). Oxford: Garland Science Publishing.

Flint, S. J., Enquist, L. W., Racaniello, V. R., & Skalka, A. M. (2004). Principles of virology: Molecular biology, pathogenesis, and control of animal viruses (2da. ed.): ASM Press.

Kutter, E., & A., S. (2005). Bacteriophages: Biology and applications: CRC Press.

Lesk, A. M. (2012). Mapping, Sequencing, Annotation, and Database. In A. Lesk (Ed.), Introduction to genomics (Second ed., pp. 79-114). Oxford: Oxford University Press.

Shors, T. (2017). Understanding viruses (3ra. ed.): Jones and Bartlett Learning.