Profesor | Ricardo Colín Núñez | vi | 14:30 a 17:30 | B005 |
Profesor | Giovani Hernández Canchola | ma | 14:30 a 17:30 | B007 |
TEMARIO EVOLUCIÓN II
INTRODUCCIÓN A LA ECOLOGIA MOLECULAR
El curso esta dirigido a estudiantes de la carrera de biología interesados en profundizar en el uso e interpretación de datos genéticos y ecológicos aplicados a diversas áreas de la Biología (e.g., genética de la conservación, especies invasoras). Bajo una perspectiva multidisciplinaria (genética de poblaciones, filogenia y evolución molecular) se desarrollarán las ideas para diferentes grupos de organismos (bacterias, plantas y vertebrados) analizando los fundamentos teóricos, las metodologías más importantes y de mayor actualidad que proporcionen a los estudiantes las bases teóricas y experiencia práctica para el análisis e interpretación de los datos. Se espera que al final del curso los alumnos cuenten con los principios básicos, perspectivas y una visión más amplia de los alcances y aplicaciones de la ecología molecular en diversas áreas de la biología evolutiva.
1.- Introducción
2.- Variación genética
3.- Análisis genéticos en una población
4.-Análisis genéticos en múltiples poblaciones
Práctica 1. Variación y estructura genética: Arlequin, structure, MEGA
5.-Reconstrucción filogenética
Práctica 2. Base de datos: NCBI (blast, genbank)
Práctica 3. Programas de alineación de secuencias e inferencia filogenética: MEGA, TNT, RaxML, Mr Bayes
6.-Evolución molecular
Práctica 4. Selección a nivel molecular: DNasp, y Reloj molecular: BEAST
7.-Filogeografía
Práctica 5. Filogeografía: Dnasp, Arlequin, TCS
8.- Fundamentos y principios del lenguaje de programación de R aplicado al análisis de datos genéticos y ecológicos
Práctica 6. Análisis de datos en R
Extra
9.- Análisis geográficos
Práctica. Modelado de nicho: Maxent, Diva-gis (Selección de variables bioclimáticas, recorte de capas, extracción de puntos, elaboración de mapas).
Literatura:
Avise, J. C.2000. Phylogeography. The history and formation of species. Harvad University Press, Cambridge, Massachusetts. 449 pág.
Beebee, C. J. T. y G. Rowe. 2004. An introduction of molecular ecology. Oxford University Press. 346 pág.
Felsenstein, J. 2003. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates. Sunderland, MA, 664 págs.
Graur D. y W.H. Li, 2000. Fundamentals of molecular evolution. 2nd. edition. Sinaeur. Suderland, Mass. 481 págs.
Hall, B.G. 2001. Phylogenetic trees made easy. Sinauer, Suderlnad, Mass. 179 págs.
Hartl, D. L. y A.G. Clark. 1989. Principles of population genetics, 2nd edition, Sinauer. Sunderland Massachusetts. 682 págs.
Hartl D.L. y A. G. Clark. 1997 Principles of population genetics, 3rd edition, Sinauer, Sunderland, Mass. 542 págs.
Hedrick, P.W. 2000. Genetics of populations. Second edition. Jones and Bartlett publishers. Sudbury, Massachusetts. 553 págs
Kimura, M. 1983. The neutral theory of molecular evolution. Cambridge university press, Cambridge, UK, 361 págs.
Li, W. H. 1997. Molecular evolution. Sinauer, Sunderland, Massachusetts. 487 págs.
Nei, M. y S. Kumar. 2000. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University Press, Oxford. 333 págs.
Page R.D.M. y E. C. Holmes. 1998. Molecular evolution: A phylogenetic approach. Blackwell, Oxford. 346 págs.