Presentación del grupo 5354 - 2012-1.

MANEJO DE INFORMACIÓN DIGITAL

OBJETIVOS

General

Conocer los recursos, herramientas y servicios electrónicos disponibles para la recuperación, manejo, sistematización y meta-análisis de la literatura especializada en Biología de manera personalizada, automática, actualizada e inmediata.

Particulares

• Reconocer los principales recursos electrónicos disponibles en la Web para la E-investigación bibliográfica en biomedicina que permiten el uso de la literatura de manera, personalizada, sistémica, automática e inmediata.
• Desarrollar las principales habilidades y estrategias para trabajar eficientemente con los recursos digitales y la literatura electrónica especializada y actualizada sobre Biología.
• Entrenarse en el proceso de recuperación de información digital de forma eficaz, ordenada y ágil.
• Conocer y utilizar óptimamente las principales colecciones de datos bibliográficas con información biomédica y entrenarse en su uso.
• Identificar los principales métodos de meta-análisis de grandes cantidades de literatura simultáneamente para identificar patrones, tendencias y relaciones aplicables a la obtención de nuevo conocimiento, y usados comúnmente para la planeación, gestión y política científica.

La revolución de la información es causa y efecto del progreso científico y tecnológico del siglo XX, la cantidad de información que se produce ahora sobre temas científicos es diversa además de colosal: puede ser electrónica o impresa; existe de texto, imágenes y sonidos; se encuentra sistematizada en bases de datos, catálogos o listas; su consulta puede ser libre o restringida; trata sobre los seres vivos o sus partes, fenómenos y explicaciones, versa sobre las publicaciones, los investigadores, los proyectos, los grupos y las líneas de investigación, los convenios, los subsidios, la producción científica, las instituciones de investigación y enseñanza, las colecciones biológicas, las instituciones de enseñanza y las sociedades científicas, por mencionar algunas. Referirse a información en el siglo XXI implica la mención de términos, métodos, teorías novedosas e innovadores como: sociedad del conocimiento, sociedad de la información, globalización, infodiversidad, acceso a la información, e-ciencia, e-investigación, grid, colaboratorios, repositorios, conocimiento basado en la literatura, minería de textos, web semántica, índice de impacto, cocitación, web 2.0 y 3.0, redes sociales, plagio, acceso libre, por mencionar los más comunes. Esto ha repercutido de manera dramática en la visión del mundo contemporánea, la práctica científica, las relaciones científicas, sociales, económicas, políticas y culturales. La sociedad científica genera y recibe información, queda expuesta a ella como representación del pensamiento y del conocimiento, en todos los casos se crea un interés consciente o inconsciente de transmitirla de manera individual o colectiva. Las comunidades científicas, además de reconocer el valor de la información, la exigen como un requisito fundamental para poder realizar investigación.

La información publicada sobre biología y medicina, no es la excepción, es tal la cantidad, la diversidad y la complejidad de la información digital, y son tantos, tan diferentes y complicados los recursos electrónicos por medio de los cuales se puede acceder a ella, que se ha hecho necesario el estar informado y actualizado sobre la continua aparición y modificación de estas herramientas, tanto que, se ha vuelto un problema a resolver: se publican continuamente en las revistas especializadas un gran número de artículos sobre estrategias de recuperación y análisis de la información sobre el área específica de interés de los investigadores y se diseñan constantemente programas y páginas electrónicas para lograr este propósito. Los recursos electrónicos con literatura en el área de Biología que pueden ser consultados electrónicamente vía Internet permiten el acceso inmediato a las colecciones de datos digitales actualizadas con información generada por los especialistas El poder de las nuevas tecnologías electrónicas ha aumentado de manera exponencial, se han diseñado gran cantidad de aplicaciones que permiten agrupar, clasificar y visualizar los documentos lo que ha reducido la energía, el costo y el tiempo requeridos para el análisis de la literatura especializada. Pero o solo eso, en menos de 15 años se ha modificado la práctica científica, ya no se explora la realidad sólo a través de experimentos y modelos in vivo y/o in vitro sino que se hacen in silico con herramientas y métodos informáticos. Este fenómeno ha repercutido tanto en la forma de producir conocimiento científico que se han desarrollado nuevos campos del conocimiento practicados por especialistas, como la bioinformática, la informática médica (medical informatics), la informática de la biología (biological informatics), la neuroinformática, la simbiomática (symbiomatics), la informática de la ecología (ecological informatics) y la informática de la biodiversidad (biodiversity informatics)y el descubrimiento basado en la literatura, entre otras. El cambio ha sido importante incluso en la forma en la que se recupera y se analiza la bibliografía al grado que se han propuesto nuevas formas de acceder a la información que dejen de lado el enfoque reduccionista y se adopte uno sistémico acorde al progreso de la propia disciplina biológica.

Se entiende por ciberinfraestructura a todos aquellos recursos, servicios y herramientas electrónicos que en su conjunto permiten utilizar y compartir la información, permiten el acceso inmediato a los datos de una variedad extensa de fuentes especializadas de diversas procedencias y temas lo que ha fomentado la colaboración, la integración y la interdisciplinariedad en la práctica científica.

La herramienta informática por excelencia para sistematizar los documentos son las bases de datos, un sistema informático de registros almacenado en tablas con un orden establecido que permite guardar, ordenar, mantener, procesar, recuperar, presentar y generar información. El diseño y la difusión de la gran cantidad de bases de datos que hay en la actualidad, particularmente las que se pueden consultar en línea, fue sin duda, el resultado de un fenómeno representativo surgido en la industria de la información de finales del siglo XX. En 1951 el U.S. Bureau of Census diseñó la primera base de datos formal. Diez años después se crearon las primeras con bibliografía, que en un principio contenían resúmenes e índices, posteriormente incluyeron fotocomposiciones y citas que se almacenaban en cintas magnéticas. Entre las más destacadas se encuentran: 1) Medical Literature Analysis and Retrieval System (MEDLARS), producido en 1960 por The National Library of Medicine (ahora MedLine, proyecto en el que se inserta PubMed); 2) Chemical Registry System y Chemical and Biological Activities (CBAS), publicados en 1965 por el Chemical Abstracts Service en forma impresa y cinta magnética para computadora; 3) Machine Readable Catalog (MARC), emitida en 1969 por The Library of Congress; 4) Engineering Information en 1967 y 5) BioSciences Information Service (BIOSIS) en 1969. Tanto la primera como la última serán analizadas en este trabajo. Se calcula que en 1965 existían 12-20 bases de datos bibliográficas, en 1968 había 25, para 1970 en promedio había 75, en 1986 la cuenta fue de 3,337 y para el 2008 aparecen cerca de 16 000.

En general todas las bases de datos bibliográficas actuales son relacionales, se caracterizan por contener registros con información básica sobre: 1) los documentos (generalmente artículos) como título, tipo de documento, idioma, palabra clave, descriptores, volumen, número y páginas; 2) la fuente de donde provienen (principalmente revistas) como título, año de publicación y tema; y 3) la autoría, el o los nombres de los autores, institución de inscripción y país. Para cada documento (o la fuente en algunos casos) se asignan descriptores para clasificarlos y utilizarlos posteriormente como referencia para recuperarlos por medio de las búsquedas. Los índices más completos también contienen resúmenes, referencias, citas, ligas al documento en texto completo (libre o restringido a un pago), los documentos relacionados, análisis bibliométricos sencillos (cuentas de autores, temas, países, tipo de documento, idioma y descriptores) o complejos (citación, vida media e índice h), catálogos y tesauros, y herramientas electrónicas para salvar, etiquetar (tagging), almacenar, sistematizar, analizar y manejar las referencias recuperadas. Entre las características más importantes a considerar en una base de datos documentales están: la cantidad de registros y el tipo de campos que capturan, los criterios de inclusión, sistematización, relación y clasificación de la información, el tipo de acceso, las características de la aplicación, las herramientas de búsqueda, manejo y análisis de los registros, la cobertura (representación) tipológica, idiomática, temática, geográfica y temporal.

Cada base de datos tiene características diferentes. Para elegir cuáles y cuántas es conveniente usar en cada caso, es necesario reconocer las particularidades siguientes de cada una. La primera es el tipo de acceso: libre o restringido, el segundo se refiere a que solo se puede acceder previo una contratación y pago, que generalmente se hacen de forma institucional, pues el precio es demasiado alto (unos miles de dólares) para hacerlo de forma individual. Por lo tanto, estos servicios se pueden consultar, generalmente, en las bibliotecas de instituciones de enseñanza, investigación o en algunas instancias gubernamentales. La segunda es la cobertura temática, que se obtiene estudiando la distribución de registros para algún tema en distintos índices. La tercera se refiere a la cobertura regional que se identifica a partir del lugar de edición de los documentos que se indizan. Y por último, los criterios de inclusión y clasificación de los documentos, para lo cual se utilizan catálogos y tesauros diseñados por los especialistas en ciencias de la información (documentalistas) y constituyen una herramienta importante para buscar y analizar la información de manera completa, consistente y eficaz.

La búsqueda, el acceso, el análisis y la actualización de la literatura en bases de datos se ha vuelto una tarea cotidiana. Generalmente es necesario consultar varios índices para tener la más completa representación de la literatura sobre el tema de interés. Pero es tal la cantidad y diversidad de los documentos sobre taxonomía, son tantos, tan diferentes y complejos los recursos electrónicos (en especial las bases de datos bibliográficas) por medio de los cuales se puede acceder a dicha información, y no solo eso, sino que cambian, progresan y se actualizan constantemente, que es difícil estar al tanto de todos ellos e identificar cuáles y cuántos se pueden y deben utilizar.

En la UNAM no existe en la licenciatura o el posgrado, algún un curso teórico o práctico sobre la aplicación de la ciberinfraestructura en la literatura. La licenciatura en Biología de la UNAM representa una de las más novedosas y de vanguardia de la institución, es reconocida su excelencia y actualidad. La literatura en esta especialidad se aplica en varios ámbitos de la práctica biomédica, que van desde la producción de nuevo conocimiento biológico hasta la administración de recursos, la evaluación, la gestión y la política científica. Por estas razones es indispensable incluir un curso innovador y de vanguardia en el que se presente, ordene y clasifique todos recursos electrónicos para la recuperación y el análisis de información especializada de manera eficaz y eficiente; en la que se revisen los tipos y características de la información digital, se expliquen definiciones básicas, se explore su importancia e implicaciones, se sinteticen y expliquen los recursos electrónicos en línea más relevantes y prácticos, en especial las bases de datos y el software especializado, se presenten compendios sobre las fuentes a partir de las cuales se pueda y deba extraer información entender la estructura, el desarrollo, las relaciones y las tendencias de cualquier disciplina o enfoque biomédico para investigar sus características, desarrollo, tendencias y aplicando los estudios métricos de la información.Además permitirá a los interesados introducirse a las herramientas suficientes para realizar reportes con información sobre revistas y documentos indizados, impacto, colaboración y citación de la producción propia comúnmente solicitados por los comités de evaluación del desempeño académico como CONACYT y DGAPA.

Este curso representa la aplicación de un enfoque interdisciplinario e integrativo para utilizar la literatura especializada en biomedicina para extraer, analizar y administrar literatura especializada de manera eficiente, inmediata, actualizada, exhaustiva y organizada:1) se explicará de manera detallada la ciberinfraestructura (recursos, herramientas y servicios electrónicos) disponibles para el manejo de literatura especializada en Biología acorde a las necesidades y retos de nuestro tiempo y se expondrán las características de cada una, 2) se presentarán las etapas del proceso de recuperación de documentos electrónicos y la manera de manejarlos para que este se realice de manera eficiente, eficaz y actualizada, 3) se expondrán los principales indicadores bibliométricos que se utilizan frecuentemente para la evaluación de la literatura, 4) y se aplicarán técnicas novedosas de análisis de las referencias y los contenidos de los documentos científicos para analizar grandes cantidades de documentos simultáneamente, entre los que están el análisis de redes y el descubrimiento basado en la literatura, por ejemplo y 5) se enseñarán los rudimentos sobre gestión de la bibliografía personal.

Detalles del curso

·30 sesiones teórico prácticas de dos horas dos veces por semana.

·Durante las sesiones se aplicará la ciberinfraestructura especializada para el manejo de literatura disponible para la resolución de un problema sobre cualquier tema de interés para el estudiante, en el que se aplique uno o varios de los temas del curso.