La UMDI Sisal es una unidad de la Facultad con sede en el puerto de Sisal, Estado de Yucatán, México. La UMDI Sisal tiene por objetivos los de formar personal calificado capacitado en los diversos campos de la ecología y biología de los organismos que habitan la zona costera, desarrollar investigación científica del más alto nivel que aporte conocimientos que puedan servir de base para el manejo y conservación de la zona costera, y apoyar al desarrollo regional a través de la transferencia de conocimientos a los sectores social, gubernamental y la iniciativa privada sobre los métodos más apropiados para el manejo y la conservación de los recursos costeros. En esta unidad se imparte la Licenciatura en Manejo Sustentable de Zonas Costeras.